Je présenterai un projet en collaboration avec un laboratoire de recherche en biologie dans lequel nous avons utilisé les outils python scientifique pour développer la simulation d'un phénomène biologique
Dans cette présentation, le montrerai comment l'écosystème python scientifique a permis de développer un modèle biophysique de la morphogénèse de la patte de la mouche. Une présentation du code peut être parcourue ici
Je présenterai d'abord le problème biologique: comment la mort cellulaire programmée (a.k.a l'apoptose) est impliquée dans la formation des organes de la mouche, et pourquoi ça intéresse les biologistes, puis je détaillerai un peu la stratégie de développement des simulations, en insistant sur quelques outils centraux (notamment la bibliothèque graph-tool), suivie de quelques perspectives, principalement concernant l'intégration de la visualisation au logiciel Blender.