PyConFr 2014

samedi 10:10:00–10:30:00

[E/R] Python dans la recherche, l'enseignement, et l'innovation en biotechnologie.

Marc-André Delsuc

Audience level:: Novice

Description

Dans le cadre de l'équipe de recherche en biophysique et biologie structurale, de nombreux outils Python sont développés. Le même cadre, et souvent les mêmes codes, sont utilisé en initiation informatique aux élèves-ingénieurs en biotechnologie. De même une spin-off du laboratoire, travaille dans le domaine des "big-Data" scientifique, en utilisant des outils et des méthodes communes.

Abstract

Dans notre équipe de recherche, nous utilisons quasi exclusivement Python/numpy/scipy pour l'analyse de données et la modélisation en biologie structurale et en biophysique. La possibilité de passer le même code du laptop au cluster régional est inapréciable, la souplesse de l'environnement est vitale pour des non-informaticiens de métiers, et l'efficacité est cruciale pour les flux de données que nous gérons.

Dans le cadre de l'Ecole de Biotechnologie de Strasbourg ESBS, la même équipe propose à tous les élèves entrant en 1ere année, une initiation à la programation. Souvent totalement débutants, nous leur présentons les rudiments de l'algorithmique et de la structuration de données. L'environnement iPython notebook, proche de leur habitudes facilite beaucoup les choses.

Le même environnement est finalement utilisé dans les développement réalisée dans le cadre d'une société spin-off adossée au laboratoire, et qui fournit des méthode algorithmiques et mathématique pour l'analyse de données en chimie analytique et en biophysique.

Je présenterai les exemples de codes développés, et les avantages et difficultés rencontrés dans ces différents approches.